نمودار آتشفشانی یکی از ابزارهای مهم و مفید در آمار و علوم داده است که به کمک آن می‌توانیم ارتباط بین دو متغیر را به صورت گرافیکی مشاهده کنیم. این نوع نمودار به طور خاص در زمینه‌های زیست‌شناسی مولکولی، ژنتیک، فیزیولوژی و داروشناسی استفاده می‌شود. در اینجا قصد داریم نحوه ساخت نمودار آتشفشان (Volcano Plot) را با استفاده از زبان برنامه‌نویسی R مورد بررسی قرار دهیم.

ابزارهای مورد نیاز:
قبل از شروع به ساخت نمودار آتشفشان در R، نیاز است که ابزارهای لازم را نصب کنید. برای این منظور می‌توانید از بسته‌های ggplot2، dplyr و tidyr استفاده کنید که با استفاده از دستور زیر می‌توانید آن‌ها را نصب کنید:

install.packages("ggplot2")
install.packages("dplyr")
install.packages("tidyr")

ساخت داده‌ها:
حالا که ابزارهای مورد نیاز را نصب کردید، می‌توانید به ساخت داده‌های مورد نیاز برای نمودار آتشفشان بپردازید. برای ساخت داده‌ها می‌توانید از دستورات زیر استفاده کنید:

library(dplyr)
library(tidyr)

data <- data.frame(
gene = c("gene1", "gene2", "gene3", "gene4", "gene5"),
logFC = c(1.5, 2.0, -0.5, 1.0, -1.2),
pvalue = c(0.05, 0.01, 0.1, 0.001, 0.2)
)

ایجاد نمودار آتشفشان:
حالا که داده‌های مورد نیاز را ساختید، می‌توانید به ایجاد نمودار آتشفشان بپردازید. برای این کار می‌توانید از دستورات زیر استفاده کنید:

library(ggplot2)

ggplot(data, aes(x = logFC, y = -log10(pvalue))) +
geom_point() +
geom_hline(yintercept = -log10(0.05), linetype = "dashed", color = "red") +
geom_vline(xintercept = c(-1, 1), linetype = "dashed", color = "blue") +
labs(x = "log2(fold change)", y = "-log10(p-value)") +
theme_minimal()

در این نمودار محور x به مقدار log2(fold change) و محور y به مقدار -log10(p-value) اختصاص داده شده است. همچنین خطوط متقطع قرمز و آبی نشان‌دهنده مقادیر آستانه برای fold change و p-value می‌باشند.

نتیجه‌گیری:
در این مقاله به نحوه ساخت نمودار آتشفشان در R پرداختیم. این نوع نمودار به طور گسترده در زمینه‌های زیست‌شناسی مولکولی و داروشناسی استفاده می‌شود و به کمک آن می‌توان ارتباط بین دو متغیر را به صورت گرافیکی مشاهده کرد. امیدواریم که این مقاله برای شما مفید واقع شده باشد.